The War of Genesis xoay quanh những câu chuyện về cuộc chiến giành lại lục địa Antaria. Trong cuộc phiêu lưu lần này, người chơi sẽ trở thành những anh hùng thực sự, xây dựng một đội hình gồm những anh hùng khác và cùng với những chiếc tàu không gian, người máy của riêng mình để chiến đấu với đội quân Dark Armor hay những con quái vật đáng sợ.